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自治权被废除后，科索沃面临着国家有组织的压迫：自20世纪90年代初，阿尔巴尼亚语广播和电视受限，报刊被停，科索沃阿尔巴尼亚族被公共企事业单位开除的现象大量涌现，涉及银行、医院、邮局和学校。1991年6月，普里什蒂纳大学的集会和数个教师会被消除，阿尔巴尼亚族教师于1991年9月开始的新学年被禁止进入校舍，学生只得在家中自习。
随着时间的推移，阿尔巴尼亚族于1996年建立了科索沃解放军，发动了针对贝尔格莱德的叛乱。1998年初，双方爆发武装冲突，同年10月15日签署北约促成的停火协议，两个月后双方再次撕约交战。1999年1月，据报道有45名阿尔巴尼亚人在拉查克大屠杀中遇害，北约决定只能引入维和部队强行克制双方才能解决冲突。3月23日，《朗布依埃协议》失败，南斯拉夫拒绝外来维和部队，北约准备以武力部署维和人员。